Pada periode Maret 2006 s.d. Agustus 2008, SHEEP melaksanakan Program Rehabilitasi Kesehatan dan Ekonomi Berbasis Masyarakat Paska Tsunami dan Konflik Sosial Di Aceh Timur mendapat dukungan dari EED-Germany. Program rehabilitasi merupakan fase lanjutan setelah tanggap darurat. Implementasi program di lapangan memang telah dimulai sejak Maret 2006 dengan adanya transisi dari program lama (emergency) yang didukung AFSC ke program baru (rehabilitasi) yang didukung EED. Dalam masa transisi antara Maret s.d awal Mei 2006 tersebut, selain transisi personel, juga dilaksanakan pindahan sekretariat yang sebelumnya berlokasi di salah satu desa dampingan ke Kota Langsa. Gempa bumi yang melanda Yogyakarta pada tanggal 26 Mei 2006, juga mempengaruhi intensitas implementasi program di Aceh Timur dengan adanya kebijakan lembaga YSI untuk menghentikan sementara implementasi program lapangan selama satu bulan dan fokus pada evakuasi keluarga dan kantor YSI yang rusak parah karena gempa. Dengan kondisi tersebut, praktis implementasi program lapangan baru dapat kembali berjalan intensif pada bulan Juli 2006.
